La Orden de San Juan de Malta y las órdenes militares en general, tuvieron un especial protagonismo en el Camino de Santiago, donde la presencia de sus caballeros, entre monjes y guerreros, fue fundamental para la defensa de los peregrinos y del propio itinerario. A lo largo de la Edad Media y la Edad Moderna la Orden de San Juan, militar y hospitalaria de San Juan de Malta fue la más famosa de todas ellas.
La Orden de San Juan fue fundada en el siglo XI en Jerusalén, cuando a causa de las Cruzadas los caminos que se dirigían al Santo Sepulcro se habían vuelto muy peligrosos y la presencia de sus caballeros era esencial para proteger a los peregrinos que se dirigían a Tierra Santa, donde llegó a poseer el hospital de peregrinos más famoso de la Edad Media, tal y como recuerda el compostelano Códice Calixtino.
Herederos de los bienes de los templarios, trágicamente erradicados en el siglo XIV, la Orden de San Juan tuvo el poder y la riqueza necesarios para extenderse a lo largo y ancho de toda Europa. La reconquista y las continuas luchas religiosas favorecieron su presencia en España, donde los caballeros-peregrinos eligieron instalarse, sobre todo, a lo largo de Camino de Santiago, pues no hay que olvidar que el Camino francés constituyó durante siglos una especie de límite del territorio cristiano, por lo que su fortificación y defensa sería tan necesaria como la construcción de hospitales para albergar a los peregrinos.
La primera referencia a la presencia de los caballeros de San Juan en el Camino de Santiago es de 1126, cuando Atapuerca fue donada a la Orden por Alfonso VII. En los años sucesivos importantes complejos y monasterios le serían cedidos, entre ellos el navarro complejo de Cizur Menor, con una iglesia, un hospital para peregrinos, una mansión fortificada y vastas propiedades agrícolas; en Puente la Reina llegaron a poseer el control para cruzar el río Arga, de gran valor estratégico, que habrían heredado de los templarios; también en Castilla poseyó importantes encomiendas, como la de Burgos y Buradón con propiedades en lugares tan jacobeos como Belorado, Viloria, Grañón u Hornillos del Camino.
La casa más importante de la Orden en Galicia fue la encomienda de San Juan de Portomarín, de la que todavía se conserva su la iglesia de San Nicolás. La estratégica disposición de esta encomienda junto al río Miño deja clara la tendencia de sus monjes-caballeros a situarse próximos a los pasos de ríos con el fin de protegerlos y asegurarlos. Dicha encomienda fue sostenida por las ricas propiedades y los derechos de paso sobre el río, pero también por la nobleza y la hidalguía local, como el Conde de la Maza o el Marqués de Bóveda. Todos ellos habrían ejercido como mecenas de la institución, favoreciendo con sus mandas testamentarias el mantenimiento de sus hospitales, capillas y altares, que se habrían convertido en sus lugares de enterramiento.
Por otro lado, la Orden de San Juan creo una importante red de hospitales que se extendería mucho más allá de los lugares donde poseía una casa o encomienda. Entre estos hospitales destacan los famosos de Ostabat y Pie de Port.
